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今年国自然全靠它!单细胞一站式分析网站,懂得都懂!用就完了!

来源:www.baiyundou.net   日期:较早时间

大家好,让我们聚焦于最新的科研突破!在Nucleic Acids Research(NAR)的最新动态中,一款名为CeDR Atlas的单细胞药物应答图谱数据库引起了广泛关注。这个数据库,凭借其强大的功能,已经成为了今年国自然研究的热门之选。接下来,让我们深入了解这款数据库的魅力,看看它是如何在药物反应领域引领潮流的。


在临床实践中,个体间的遗传差异往往导致药物疗效大相径庭,特别是肿瘤这种高度异质的疾病。CeDR Atlas正是为了应对这一挑战而生,它以单细胞测序技术为基础,提供了一个在细胞层面研究药物反应机制的工具。这款数据库由国家基因组科学数据中心(NGDC)团队精心打造,于2021年发布在NAR上。


数据库概览


CeDR Atlas整合了来自Connectivity Map、Single Cell Portal、uman Cell Landscape和Mouse Cell Atlas等多个权威数据源的信息,包括人类、小鼠和细胞系的药物反应数据,以及不同组织、疾病和生理状态下的scRNA-seq数据。它涵盖了超过582种样本,提供了188,157个与人类、42,660个小鼠和10,299个细胞系相关的药物反应数据,为细胞药物反应谱的研究提供了宝贵的参考。通过输入关键词,研究人员可以深入探索药物的细胞特异性反应,包括药物联合治疗、耐药性研究和副作用识别等。


数据库的核心功能包括Browse和Search模块。在Browse模块,用户可以根据物种、组织和表型进行筛选,如选择人类脑组织的胶质细胞瘤。Search模块则支持多维度检索,如细胞类型、药物、疾病和组织,帮助研究人员快速找到所需信息。


数据库操作演示


以GSE84465数据集为例,用户可以在Browse模块筛选出胶质细胞瘤中神经元对药物的反应。网络图展示了药物与细胞类型的关联,热图和表格则提供了药物相关基因的表达分析和功能解读。在Search模块,输入“人类正常组织肠内分泌细胞药物反应”,则会呈现相关数据集的详细信息,包括GSEA分析结果和药物干预浓度数据。


CeDR Atlas是一个不断发展和更新的平台,尽管目前暂无引用案例,但它已经在科研界崭露头角,值得我们密切关注。使用CeDR Atlas时,别忘了引用以下关键文献以支持你的研究:


Wang YY, Kang H, Xu T, Hao L, Bao Y, Jia P. CeDR Atlas: a knowledgebase of cellular drug response. Nucleic Acids Res. 2021 Oct 11:gkab897. doi: 10.1093/nar/gkab897. Epub ahead of print. PMID: 34634794.


最后,如果你是一名临床医生或科研人员,CeDR Atlas无疑是提升药物反应理解力的有力工具,不容错过。让我们一起探索单细胞药物应答的无尽可能,让CeDR Atlas引领你的科研之路!



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